Scarse sono le notizie sulle origine del paese. Una lapide romana, trovata nelle campagne di San Secondo nel Settecento, ha fatto supporre (non senza confutazioni) l'esistenza di un insediamento romano, forse legato al più noto centro di Caburrum (Cavour)
.

Le prime fonti documentarie risalgono al basso Medioevo, e trattano prevalentemente di Miradolium(Miradolo), "castello" soggetto all'abbazia di Santa Maria di Pinerolo, più sviluppato e popoloso rispetto al borgo di San Secondo, anche per la particolare posizione geografica che permetteva di controllare l'accesso alla Val Chisone.

Proprio per l'importanza strategica assunta dal "Castello del Lupo" (era questo il nome della fortezza di Miradolo), esso fu scenario di violenti scontri armati: venne infatti distrutto a fine Cinquecento durante gli assalti condotti dalle truppe francesi contro quelle sabaudo-ispaniche.

Durante l'età moderna cominciò il declino di Miradolo e, parallelamente, l'ascesa di San Secondo destinato a divenire sede di una contea infeudata ai conti Bianco.

Nel Seicento, quando il Pinerolese fu teatro delle cruenti guerre di religione fra cattolici e riformati, San Secondo - che, pur confinando con le terre pedemontane a maggioranza valdese, aveva una popolazione prevalentemente cattolica - non venne risparmiata dalle reciproche violenze.

Nel Settecento, con la pacificazione forzata delle due comunità religiose e con la riorganizzazione dello stato sabaudo, San Secondo conobbe un processo di sviluppo (demografico, economico, edilizio) decisivo per il suo futuro.

Si incrementò la popolazione, prese piede l'artigianato del vasellame in terracotta (i "tupin"), si sviluppò la frutticoltura e soprattutto la viticoltura (ancora oggi una delle risorse più qualificate), sorsero nuovi eleganti edifici (come la chiesa parrocchiale, bell'esempio di barocco attribuito all'architetto Buniva).

Nell'Ottocento questa linea di evoluzione si rafforzò. In particolare assunse grande rilevanza l'artigianato della terracotta: si contavano ben 14 manifatture, che ricavavano l'argilla da apposite cave e smerciavano diverse varietà di prodotti in tutto il Piemonte.

San Secondo divenne noto nel circondario, sino al primo Novecento, come il paese dei "tupin" (e non casualmente la maschera carnevalesca del paese è appunto il "tupinè" accompagnato dalla "tupinera").

Il paese fu così costretto a cercare forme di sviluppo in nuovi settori economici. Accanto alla tradizione agricola, si avviarono nel secondo dopoguerra (e specie negli anni Sessanta-Settanta) nuove attività artigianali, commerciali e industriali, insediate prevalentemente nella parte pianeggiante (Airali).

Notevole è stato anche l'incremento demografico, che comporta un vivace fermento edilizio e residenziale (non privo in alcuni casi, di abusi e scempi irreparabili, come ad esempio il dissennato abbattimento del castello dei conti Bianco a San Secondo). 

Nel centro storico, risalente al XVIII secolo, sono rimasti alcuni edifici residenziali di pregio architettonico e l'antico pozzo, divenuto il simbolo del paese.

Di particolare interesse artistico è la chiesa parrocchiale, bell'esempio di barocco piemontese, realizzata dall'architetto Giuseppe Girolamo Buniva nel 1773. Da segnalare anche la settecentesca chiesa della Confraternita della SS. Trinità, e il tempio evangelico valdese, inaugurato nel 1958.

La "vocazione" residenziale di San Secondo ha comportato lo sviluppo di una nuova area urbana attorno a Piazza Europa, che per la sua particolare struttura ad anfiteatro fornisce un invidiabile scenario per spettacoli ed eventi culturali. Alle sue spalle sorge un grande parco attrezzato, cuore verde del paese.

Nel concentrico hanno sede: il municipio, le scuole elementari e medie, la scuola materna privata, l'ufficio postale, due agenzie bancarie, la farmacia, l'ambulatorio medico, gli impianti sportivi, numerosi esercizi pubblici e commerciali, le principali associazioni comunali.

Oggi San Secondo si presenta come un paese aperto e dinamico, dove le tradizioni e la cultura del suo territorio convivono con le attività produttive e la vocazione residenziale favorita dal suo ameno paesaggio e dalla buona qualità della vita. 

Il comune è gemellato con il comune di Carlos Pellegrini (Santa Fe - Argentina) e fa parte dell'Unione Montana del Pinerolese.